齐格费里德授予美因茨自由权的证书
到1462年为止美因茨是一座自由城市，这段时期可以看作是美因茨城市史的高峰期了。美因茨市民的影响远远超出了其城市范围。1254年以美因茨为首组成的莱茵城市联盟就是一个很好的证明。在城市联盟和国家治安的保护下市内的商业和手工业大发展，美因茨成为德国的一个经济中心。
从1328年开始美因茨市民开始与大主教之间发生冲突。在美因茨主教席之争中市民支持皇帝和教宗所反对的大主教迪特尔·冯·依森堡。1462年迪特尔的竞争者阿道夫二世攻入城内，他剥夺了所有授予美因茨的特权，结束了美因茨的自由城市时期。美因茨逐渐演化为一个贵族都市，城市及其市民的政治地位渐渐消失了。
"选帝侯驻地"
阿道夫二世临死前偏偏推荐与他争美因茨的大主教位的迪特尔为其继承人。1477年迪特尔创立了阿道夫二世就已经计划的大学。
1517年开始的宗教改革一开始在美因茨进展顺利。1450年约
发明家古腾堡雕塑
发明家古腾堡雕塑
翰内斯·谷登堡发明的活字印刷术使得改革的宣传文普及迅速。美因茨的大主教和枢机阿尔布雷希特本人对改革思想不排斥。但最后改革还是无法在美因茨立足。大教堂的议会两次以极小的多数选举了天主教的大主教。到1802年为止除驻兵外在美因茨没有新教社团。
从17世纪初开始美因茨逐渐被改造为一个要塞，到20世纪为止这个要塞装置是城市发展的一个主要障碍。而且这个要塞也没有能够阻止在三十年战争中瑞典军队不经作战就占领了美因茨。1647年约翰·菲力普·冯·匈保成为大主教，他在结束三十年战争的过程中起了非常重要的作用。战后他的政策使得美因茨很快克服了战争带来的破坏。
在此后的巴洛克时代中在市内建造了许多豪华的建筑，许多这些建筑今天依然保存。在大主教埃默里希·约瑟夫·冯·布赖德巴赫的执政期间（1763年至1774年）启蒙运动进入了“贵族城市”的政治阶层。旧制度的结束
启蒙运动在法国最终导致了法国大革命的爆发。美因茨大主教兼选帝侯腓特烈·卡尔·约瑟夫·冯·埃尔塔尔支持神圣罗马帝国对革命家采取强硬措施。但1792年在法国大革命战争中革命军占领了莱茵河以西的地区，包括美因茨，大主教埃尔塔尔逃离美因茨。1793年在占领者的组织下美因茨进行德国第一次自由选举。这个美因茨共和国今天被看作是德国第一个民主政权。但7月普鲁士军队就包围了美因茨并对城市进行炮击。法军撤离美因茨。美因茨共和国就短短地结束了。
1797年法军再次占领美因茨。贵族纷纷逃离美因茨，这座城市渐渐变成一座市民城市了。1803年在雷根堡的帝国代表大会上决定取消宗教贵族领地。美因茨成为法国的当纳斯山省的省会。选帝侯-大主教的时代彻底结束了。
19世纪
1816年美因茨被划属黑森-达姆施塔特大公国，其政治和经济地位大降，逐渐变成了一个不重要的省城。围绕城市的要塞妨碍城市的发展。在这段时间里市内几乎没有发生任何重要的事件。1837年在这里形成了美因茨狂欢节。直到1886年城市才得到扩展，人口也随之剧增。相对于其它周围的城市，如威斯巴登等地，美因茨的总体发展由于其要塞作用因此不理想。
20世纪
第一次世界大战中止了刚刚开始的经济发展。战后美因茨再度被法国占领。它完全错过了20年代的文化和艺术的发展。1930年法国撤军后美因茨将周边的一些小村吸收为市区。城市面积翻倍。1938年美因茨成为不隶属于其他县的城市。
纳粹主义一开始无法在美因茨立足。1933年1月30日纳粹党在德国上台时在市内参加反对示威的人比庆祝的人多。但很快情况就变了。市内约3000人的犹太人社群几乎全部被运走屠杀。第二次世界大战初美因茨没有受损。1942年城市第一次遭严重的空袭。最严重的空袭是1945年2月27日，城市几乎被完全摧毁。但战争结束时城市80%被毁。
战后美因茨又被法国占领。莱茵河成为法占区和美占区的边界，莱茵河东岸的本来属美因茨的市区因此被交付威斯巴登代管。黑森州和莱茵兰-普法尔茨最终使得这个割离成为定论。1946年美因茨大学重新建立（第一个大学于1798年被关闭）。美因茨成为新成立的莱茵兰-普法尔茨的首府。1962年美因茨正式庆祝建城2000周年。
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